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建安二年（197年）正月，曹操南征张绣，大败而归。袁绍则更加骄矜溢，写信给曹操，辞语骄慢。曹操阅后大怒，诸将都说是作战不利的原故。钟繇因此问荀彧，荀彧说：“以曹公的明智，一定既往不咎，还有什么好忧虑的。”见到曹操后，曹操将袁绍书信让荀彧观看，说：“现在准备讨伐不义，但力量无法与之匹敌，该怎么办?”
荀彧说：“自古以来较量于成败场上的，如果真有才能，纵然弱小，也必将变得强盛；如果是庸人，纵然强大，也会变得弱小。刘邦、项羽的存亡，足以可以使人明白这个道理。现今与您争天下的人，只有袁绍了。袁绍这人貌似宽容而内心狭窄，任用人才却疑心太重，您明正通达，不拘小节，唯才是举，唯才是用，这在度量上胜过袁绍；袁绍遇事迟疑犹豫，少有决断，往往错过良机，您却能决断大事，随机应变，不拘成规，这在谋略上胜过袁绍；袁绍军纪不严，法令不能确立，士兵虽多，却不能巧为任用，您法令严明，赏罚必行，士兵虽少，却都奋战效死，这在用兵上胜过袁绍；袁绍凭其名门贵族，装模作样，耍小技而博取名誉，所以士人中缺乏才能而喜好虚名者大多归附于他，您以仁爱之心待人，推诚相见，不求虚荣，行为谨严克己，而在奖励有功之人时无所吝惜，因此天下忠诚正直、讲求实效的士人都愿为您效劳，这在德行上胜过袁绍。凭借这四方面的优势辅佐天子，扶持正义，征伐叛逆，谁敢不从？袁绍强大又有何用？”
曹操听后非常高兴，荀彧还说：“如果不先取吕布，那河北也不容易图谋。”曹操说：“诚如您所说。但我所忧虑的，是又怕袁绍侵扰关中，引发羌、胡叛乱，向南引诱刘璋，那样的话我就要用兖州、豫州来对抗天下的六分之五了。那该怎么办呢？”荀彧说：“关中将帅数以千计，没有人能统一起来，只有韩遂、马超最强。他们见崤山以东地区正在争战，必定各自拥兵自保。现在如果以恩德招抚他们，派遣使者与他们通好，即使不能长久安定，但至少在您平定山东之前，足以不生变动。关西的事情可以托付给钟繇，这样您就可以放心出征了。”
建安三年（198年）五月，曹操大败张绣；十二月，曹军攻入下邳，诛杀吕布，平定徐州。
建安四年（199年）四月，曹操派部将北渡黄河，击斩依附袁绍的眭固，攻占射犬（今河南武陟西北），控制河内郡（治怀县，今河南武陟西南）。由于曹操在内线作战中，集中兵力，各个击破，速战速决，逐步由弱变强，据有兖、豫、徐等州，为抗击袁绍集团准备了条件。
此时，袁绍击灭幽州公孙瓒，成为北方最强大的割据势力。六月，河北割据势力袁绍统带精兵10万，战马万匹，企图南下进攻许昌。
围绕着是否抗袁的问题，在曹操集团内部又展开了一场辩论。名士孔融反对与袁绍抗争，他说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他做事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜啊！”荀彧说：“袁绍兵虽众而法令不整肃，田丰刚愎而好犯上，许攸贪婪而不检束，审配专权而无谋，逢纪果决而刚愎自用，这两人料理后方，如果许攸家犯了法，一定不会放过，不宽纵，许攸必然叛变。至于颜良、文丑，不过匹夫之勇罢了，可以一战而擒!”一席话，坚定了曹操战胜袁绍的信心。
建安五年（200年），官渡之战爆发。九月，曹军军粮将尽，士卒疲惫，曹操写信给荀彧，准备退守许昌。荀彧回信说：“眼下军粮虽少，还比不上楚、汉在荥阳、成皋之间那样艰难。当时刘、项双方都不肯先退，先退的一方必定处于被动。您以仅及敌之十分之一的兵力，就地坚守，扼住敌人咽喉使其不能前进，已经半年了。敌人的底细已经清楚，锐气已经枯竭，局面必将有所变化，这正是使用奇谋的良机，不可失去啊！”曹操采纳其建议，继续坚守待机。不久，许攸家人犯法入狱，许攸怒而投奔曹操，献计偷袭乌巢。曹操遂以奇兵袭乌巢（参见乌巢之战），斩淳于琼等人，歼灭袁军7万余人，袁绍仅带800骑兵渡河北逃，从此一蹶不振。曹操最终取得这场战略决战的胜利，奠定了统一中国北方的基础。
而“审配以许攸家不法，收其妻子，攸怒叛绍；颜良、文丑临阵授首；田丰以谏见诛”等，和荀彧所预见的完全一样。曹操取得官渡之战胜利，袁绍败退北走，遣军屯于仓亭（今山东阳谷境）。
建安六年（201年）三月，曹操欲南击曾与袁绍结盟的荆州刘表。荀彧认为：“现在袁绍失败，部众离析，应趁此机会，一举平定河北；我们背靠兖州、豫州，如远征江、汉，这时袁绍要是收其残部，乘虚攻击我们的后方，您的大事就完了。”曹操纳其计，遂于四月挥军北进，扬兵于黄河之上；对驻守仓亭的袁绍军发起攻击，一举歼灭仓亭袁军。至此，袁绍主力丧失殆尽。九月，曹操班师返许（今河南许昌东）。
建安七年（202年）五月，袁绍因兵败惭愤，呕血而亡，其子袁谭、袁尚为争夺继承权相互攻伐。
建安八年（203年），曹操上表，封荀彧为万岁亭侯。正在担任尚书令的荀彧看到了曹操的表文。他非常谦虚，认为自己没有战功，把表压了下来。因此，曹操又写信给他说：“同你共事以来，你帮着纠谬辅政，荐举人才，提出计策，周密谋划，做得已很多了。立功不一定都靠作战，希望你不要推让。”荀彧这才接受万岁亭（在今河南新郑县内）侯的封爵。
建安九年（204年），曹操攻克邺城，领冀州牧。有人对曹操说：“宜复古置九州，则冀州所制者广大，天下服矣。”曹操将要从之，荀彧却反对，曹操从之。
当时，荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将安阳公主许荀彧长子荀恽为妻。
建安十年（205年），河东叛乱，曹操让荀彧举荐贤才，荀彧曰：“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变”。曹操遂让杜畿为河东太守。杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。
建安十二年（207年）三月，增荀彧食邑千户，前后共计二千户。还要授以三公（当时以太尉、司徒、司空为三公）之职，荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。
建安十三年（208年），曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说：“今华夏己平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。
建安十七年（212年），曹操欲进爵国公、加封九锡（九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇）。荀彧认为：“（曹公）本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此”，因此惹怒了曹操。
同年，曹操征孙权，让荀彧到谯县劳军，荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中。封荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春（今安徽寿县），不久忧虑而死（关于荀彧的死，史书上还有这样的说法：当时曹操赠送食物给荀彧，荀彧打开食器，见器中空无一物，因此被迫服毒自尽[15]），时年五十岁。谥号敬侯。其子荀恽嗣，后官至虎贲中郎将。[17]次年，曹操进封魏公。
咸熙二年（265年），追赠荀彧为太尉。
荀彧作为曹操统一北方的首席谋臣和功臣，被称为“王佐之才”。他居中持重达十数年，处理军国事务，被敬称为“荀令君”。他在建计、密谋、匡弼、举人多有建树，被曹操称为“吾之子房”。
荀彧在战略方面为曹操规划制定了统一北方的蓝图和军事路线，曾多次修正曹操的战略方针，而得到曹操的赞赏，包括“深根固本以制天下”、“迎奉天子”等；战术方面，他曾面对吕布叛乱而保全兖州三城，奇谋扼袁绍于官渡，险出宛、叶而间行轻进，以掩其不意奇袭荆州等诸多建树；政治方面，荀彧为曹操举荐了钟繇、荀攸、陈群、杜袭、戏志才、郭嘉等大量人才。